合併 PDF 將頁面合併為一個文件。書籤（顯示在檢視器側邊欄中的導覽輔助工具）通常會在合併過程中被丟棄。每個來源 PDF 都有自己精心組織的書籤結構。合併後，那些書籤就消失了。組合文件只能透過捲動或搜尋來導航。合併 PDF 同時保留每個原始文件書籤會建立一個組合文檔，其中每個部分都保留其內部導覽。讀者可以直接跳到任何合併文件中的任何章節或小節。附有書籤保存的合併PDF作業需要一個提取和重新組裝書籤樹的工具。
書籤如何儲存以及它們消失的原因
PDF 書籤儲存在與頁面內容分開的樹狀結構中。每個書籤都有一個標題和一個目標，通常是頁碼和視圖設定。書籤樹可以有多層嵌套，章節包含節，節包含小節。當 PDF 合併工具合併兩個文件時，它通常會連接頁面內容流並丟棄書籤樹。頁面已合併。導航丟失了。
合併期間的書籤保留需要該工具從每個來源 PDF 中讀取書籤樹，調整目標頁碼以考慮到先前文件中已新增的頁面，並將調整後的書籤插入到合併的文件書籤樹中。指向第二個文件中第 5 頁的來源書籤變成指向第 5 頁加上第一個文件的頁數的目標。 PDF 書籤 結構被保留並重新編號。
使用支援書籤儲存的合併工具
並非所有 PDF 合併工具都會保留書籤。在進行大型合併之前，請檢查工具文件或使用小樣本進行測試。 Adobe Acrobat Pro 在合併文件時會保留書籤。組合文件工具包括一個從來源文件添加書籤的選項。尋找標示為「從來源檔案新增書籤」或「保留文件結構」之類的核取方塊或設定。
基於瀏覽器的合併工具在書籤支援方面有所不同。有些預設保留書籤。其他人則丟棄它們。其他人則提供設定。 WukongPDF 支援合併 PDF 與書籤保存，維護每個來源文件的導航結構。在處理整個批次之前，在兩個小 PDF 上測試合併，每個 PDF 都有一些書籤。開啟合併的結果並驗證書籤是否存在並指向正確的頁面。
合併後整理書籤
與書籤儲存合併後，書籤面板會依合併順序顯示所有來源檔案中的書籤。第一個來源文件書籤出現在頂部。第二個來源文件書籤出現在下面。這種扁平的組織可能無法反映組合文件的邏輯結構。重新組織書籤以建立與合併內容相符的層次結構。
使用文檔標題作為書籤名稱稱，為每個來源文檔建立頂級書籤。將每個文件的原始書籤嵌套在其頂級書籤下。結果是一個兩級層次結構。第一級列出了文件。第二層顯示每個文件的內部結構。讀者可以折疊和展開樹以在文件層級或節層級進行導航。此PDF書籤重組需要幾分鐘的時間，並將平面清單轉換為結構化導航系統。
處理書籤命名衝突
當兩個來源 PDF 具有相同名稱的書籤（例如「簡介」或「附錄」）時，合併的書籤面板會顯示重複的條目。讀者無法分辨哪個引言屬於哪個文檔。合併後重新命名衝突的書籤以包含來源文檔識別碼。將簡介變更為文件 A：簡介和文件 B：簡介。
對於包含許多原始檔案的大型合併，請使用支援搜尋和取代書籤名稱的工具批次重命名書籤。 Adobe Acrobat 讓您可以直接在「書籤」面板中編輯書籤文字。選擇一個書籤，按一下文本，然後鍵入新名稱。為了保持命名一致，請在每個書籤前新增來源檔案名稱或文件識別碼。重新命名的書籤是唯一且明確的。
合併後驗證書籤目標
合併並重新組織書籤後，測試每個書籤。點擊每一個並確認它導航到正確的頁面和正確的視圖。指向錯誤頁面的書籤比沒有書籤更糟糕，因為它會積極誤導讀者。請特別注意合併文件之間邊界附近的書籤，其中應用了頁碼調整。
如果書籤指向錯誤的頁面，請更正目標。在書籤屬性中，更新目標頁碼。書籤定向錯誤的最常見原因是頁碼調整中的差一錯誤。書籤目標在某些工具中使用從零開始的頁面索引，在其他工具中使用從一開始的索引。編號約定不符會將每個目的地移動一頁。驗證並修正任何系統偏移誤差。
將 PDF 與保留的書籤合併可將簡單的串聯轉換為完全可導航的組合文件。額外的配置和驗證步驟產生的結果尊重原始文件的內容和結構。
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