合并 PDF 将页面合并为一个文档。书签（显示在查看器侧栏中的导航辅助工具）通常会在合并过程中被丢弃。每个源 PDF 都有自己精心组织的书签结构。合并后，那些书签就消失了。组合文档只能通过滚动或搜索来导航。合并 PDF 同时保留每个原始文件书签会创建一个组合文档，其中每个部分都保留其内部导航。读者可以直接跳转到任何合并文件中的任何章节或小节。带有书签保存的合并PDF操作需要一个提取和重新组装书签树的工具。
书签如何存储以及它们消失的原因
PDF 书签存储在与页面内容分开的树结构中。每个书签都有一个标题和一个目标，通常是页码和视图设置。书签树可以有多层嵌套，章节包含节，节包含小节。当 PDF 合并工具合并两个文件时，它通常会连接页面内容流并丢弃书签树。页面已合并。导航丢失了。
合并期间的书签保留需要该工具从每个源 PDF 中读取书签树，调整目标页码以考虑到先前文件中已添加的页面，并将调整后的书签插入到合并的文档书签树中。指向第二个文件中第 5 页的源书签变成指向第 5 页加上第一个文件的页数的目标。 PDF 书签 结构被保留并重新编号。
使用支持书签保存的合并工具
并非所有 PDF 合并工具都会保留书签。在进行大型合并之前，请检查工具文档或使用小样本进行测试。 Adobe Acrobat Pro 在合并文件时会保留书签。组合文件工具包括一个从源文件添加书签的选项。查找标有“从源文件添加书签”或“保留文档结构”之类的复选框或设置。
基于浏览器的合并工具在书签支持方面有所不同。有些默认保留书签。其他人则丢弃它们。其他人则提供设置。 WukongPDF 支持合并 PDF 与书签保存，维护每个源文档的导航结构。在处理整个批次之前，在两个小 PDF 上测试合并，每个 PDF 都有一些书签。打开合并的结果并验证书签是否存在并指向正确的页面。
合并后整理书签
与书签保存合并后，书签面板按合并顺序显示所有源文件中的书签。第一个源文件书签出现在顶部。第二个源文件书签出现在下面。这种扁平的组织可能无法反映组合文档的逻辑结构。重新组织书签以创建与合并内容相匹配的层次结构。
使用文档标题作为书签名称，为每个源文档创建顶级书签。将每个文档的原始书签嵌套在其顶级书签下。结果是一个两级层次结构。第一级列出了文档。第二层显示每个文档的内部结构。读者可以折叠和展开树以在文档级别或节级别进行导航。此PDF书签重组需要几分钟的时间，并将平面列表转换为结构化导航系统。
处理书签命名冲突
当两个源 PDF 具有相同名称的书签（例如“简介”或“附录”）时，合并的书签面板会显示重复的条目。读者无法分辨哪个引言属于哪个文档。合并后重命名冲突的书签以包含源文档标识符。将简介更改为文档 A：简介和文档 B：简介。
对于包含许多源文件的大型合并，请使用支持搜索和替换书签名称的工具批量重命名书签。 Adobe Acrobat 允许您直接在“书签”面板中编辑书签文本。选择一个书签，单击文本，然后键入新名称。为了保持命名一致，请在每个书签前添加源文件名或文档标识符。重命名的书签是唯一且明确的。
合并后验证书签目标
合并并重新组织书签后，测试每个书签。单击每一个并确认它导航到正确的页面和正确的视图。指向错误页面的书签比没有书签更糟糕，因为它会积极误导读者。请特别注意合并文件之间边界附近的书签，其中应用了页码调整。
如果书签指向错误的页面，请更正目标。在书签属性中，更新目标页码。书签定向错误的最常见原因是页码调整中的差一错误。书签目标在某些工具中使用从零开始的页面索引，在其他工具中使用从一开始的索引。编号约定不匹配会将每个目的地移动一页。验证并纠正任何系统偏移误差。
将 PDF 与保留的书签合并可将简单的串联转换为完全可导航的组合文档。额外的配置和验证步骤产生的结果尊重原始文件的内容和结构。
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