具有封面頁和目錄的文檔不應為這些頁面編號。實際內容的第 1 頁應編號為第 1 頁，而非第 3 頁。但大多數添加頁碼的 PDF 工具是從文件的第一個實體頁開始的。封面變成第 1 頁，目錄變成第 2 頁，簡介變成第 3 頁。從實體頁數來看，技術上是正確的，但從文件慣例來看，這是完全錯誤的。
頁碼應遵循文件的邏輯，而不是文件的實體結構。
新增從特定點開始的PDF頁面編號需要設定起始頁碼，並且在某些工具中，將文件分成具有不同編號方案的部分。 WukongPDF的PDF編輯器支援自訂頁碼，以下的工作流程涵蓋了簡單情況和複雜的多方案情況。
設定起始頁碼
大多數具有頁碼編號的 PDF 工具都包含起始頁碼或開始編號欄位。輸入應出現在第一個編號頁上的編號。對於封面和目錄未編號的文檔，物理頁 3 上的簡介應編號為第 1 頁，請將起始頁碼設為 1，並將編號應用到第 3 頁到最後。實體頁 3 變成頁 1，頁 4 變成頁 2，依此類推。
頁面範圍設定控制哪些頁面接收編號。設定從第 3 頁到最後一頁的範圍。第 1 頁和第 2 頁沒有編號。範圍和起始編號一起工作：範圍中的第一頁（實體頁 3）取得起始編號（頁 1），並從那裡開始編號增量。
將編號方案與部分分開
帶有前面內容的文件通常使用兩種編號方案：目錄和前言使用羅馬數字，主要內容使用阿拉伯數字。 PDF 本身並不像 Word 那樣支援單一文件中的多種編號方案。解決方法是兩次：首先將羅馬數字編號應用於封面頁，然後將阿拉伯編號應用於主要內容頁。
第一遍：將羅馬數字應用於第 2 頁，從 i 開始，作為目錄。第二遍：從第 1 頁開始，從第 3 頁一直到最後，用阿拉伯數字表示主要內容。兩次傳遞會產生一個文檔，該文檔的不同部分具有不同的編號方案。該檔案獨立地包含兩個編號集。
選擇號碼位置和格式
頁碼位置遵循文件約定。底部中心和右下角是最常見的。右上角是學術論文的標準。底部中心是商業文件的標準。在應用數字之前選擇位置。申請後換職位是指刪除舊號碼並在新職位重新申請。
數字格式選項包括純數字、帶有前綴（如第 1 頁）的數字以及帶有總頁數（如第 1 頁，共 50 頁）的數字。總頁數格式可協助讀者了解剩餘頁數。普通數字更清晰並且足以滿足大多數目的。前綴格式是最正式的，常見於法律和政府文件。
| 文檔結構 | 編號方案 | 如何設定 |
|---|---|---|
| 僅封面，無編號 | 第 2 頁以上編號，從 1 開始 | 將範圍設定為最後 2 個，從 1 開始 |
| 封面+目錄，無編號 | 第 3 頁以上編號，從 1 開始 | 將範圍設定為最後 3 個，從 1 開始 |
| 封面未編號，TOC 附羅馬字 | 目錄：一、二、三；主：1、2、3 | 兩次：TOC 上的羅馬字，主線上的阿拉伯文 |
| 所有頁碼均已編號，包括封面 | 從第 1 頁的 1 開始 | 將範圍設為 1-last，從 1 開始 |
| 附前綴的附錄（A-1、B-1） | 每個附錄的前綴+重新編號 | 使用自訂前綴對每個部分套用編號 |
合併多個文檔之前添加頁碼
當從多個 PDF 組合成一個文件時，請在合併之後而不是之前添加頁碼。預合併頁碼反映了每個元件的單獨頁數，並且無法正確結轉。首先合併以建立完整的文檔。其次新增頁碼，以便為整個文件正確編號。
同樣的原則也適用於頁首、頁尾和浮水印。任何應在合併文件中統一出現的元素都屬於合併後的內容。來自不同組件的不同樣式的預合併標頭會導致合併輸出不一致。合併後元素統一套用於每個頁面。
處理具有多個未編號部分的前端內容
具有封面頁、版權頁、專用頁和目錄、內容開始前有四個未編號的正文頁的文件受益於從來源應用程式匯入的基於節的編號。如果 PDF 是透過「另存為 PDF」而不是透過列印驅動程式建立的，則 Word 的分節符（定義每個節的不同頁首、頁尾和頁碼）將匯出為 PDF。
當來自來源應用程式的基於節的編號不可用時，上述兩遍方法可以處理任意數量的首頁頁。定義哪些頁面接收羅馬數字。定義哪些頁面接收阿拉伯數字。將每個方案套用到其頁面範圍。無論存在多少個 Front-Material 部分，這兩次傳遞都會產生正確的編號。
申請後驗證編號
套用頁碼後，以縮圖視圖捲動瀏覽整個文件。檢查第一頁的起始頁碼是否正確。檢查未編號的頁面是否保持未編號。檢查所有頁面的編號是否正確遞增。單頁缺少或重複的編號會破壞整個文件的專業性。
從編號部分列印一頁，以驗證紙張上的位置和尺寸是否正確。頁邊距附近頁首和頁尾的螢幕和列印渲染可能會有所不同。列印測試可以發現螢幕檢查漏掉的定位問題。